Osamělý hrdina knihy narazí v antikvariátu na knížku psanou neznámým písmem a přinese si ji domů. Tím začíná dlouhé hledání neznámého města, z něhož kniha pochází a jež žije v podivné symbióze s Prahou, na jejích okrajích a na rubu známých prostorů. Vypravěč prochází Prahou za noci, kdy druhé město ožívá, setkává se s jeho obyvateli, svádí boje s jeho zvířaty, uniká před zbraněmi obránců druhého města, sleduje jeho slavnosti a debatuje s jeho kněžími. Přitom se stále snaží porozumět smyslu města, které se před ním rýsuje, a proniknout do jeho středu, který před ním uniká.
Druhé město se dostává ke čtenářům znovu po dvanácti letech, tentokrát zrevidované autorem, navíc s tajuplnými ilustracemi Pavla Čecha.